孙吴县隶属于黑龙江省黑河市,位于黑龙江省北部、黑河市中部,地处小兴安岭北麓。北邻黑河市爱辉区,南邻五大连池市,西邻嫩江县,东邻逊克县,距黑河市区106公里,是黑河市重要的交通枢纽。边境线长35公里,与俄罗斯阿穆尔州的康斯坦丁诺夫卡区隔黑龙江相望。